Incorporation, processing and repair of RNA in DNA
- Reference number
- ICA14-0060
- Start and end dates
- 150901-180831
- Amount granted
- 4 000 000 SEK
- Administrative organization
- Göteborg University
- Research area
- Life Sciences
Summary
Accurate replication of DNA is critical to maintain a stable genome, which can be transmitted to daughter cells. The presence of ribonucleotides in genomic DNA is undesired given their increased susceptibility to hydrolysis. Replicative DNA polymerases discriminate against ribonucleotides, but the discrimination is not perfect, and more than a million ribonucleotides may be incorporated in the human genome during each round of replication. The number of incorporated ribonucleotides is much higher than any other kind of known lesion. Ribonucleotides are not only considered lesions, but can also be beneficial and direct cellular differentiation and may be involved in transforming a normal cell into a cancer cell. My research should provide a much better view on how ribonucleotides in DNA contribute to genome stability and reveal important biological roles for this non-canonical nucleotide in cellular development of normal cells, in transformation of a normal cell into a cancer cell and with this knowledge I am to identify new targets for development of new anticancer agents.
Popular science description
Jag vill undersöka under vilka omständigheter ribonukleotider inkorporeras in i DNA för att förstå hur, när och varför cellen utnyttjar ribonukleotider som en byggsten i det genetiska materialet. Kopieringen av DNA lesioner är en faktor som kan resultera i mindre effektiv anticancerbehandling och därför är viktigt att förstå om ribonukleotider används när DNA lesionen kopieras av DNA polymeras. Det är också angeläget att ta reda på var ribonukleotider normalt är inkorporerade i genomet eftersom positionen skulle kunna förklara vad som skiljer en ribonuklotid med viktig funtion från en som är skadlig. För detta ändamål, utvecklar jag just nu en helt ny metod för att kartlägga lokaliseringen av ribonukleotider i det mänskliga genomet bestående av 3 miljarder baspar. Detta är möjligt med hjälp ny teknologi som möjliggör sekvensering av ett helt genom på bara ett par dagar, något som tidigare tog flera år i anspråk. Jag planerar också att undersöka hur ribonukleotider avlägsnas från DNAt och hur de tolereras av cellen. Min forskning kommer att bidra till det veteskapliga området genom att klargöra ribonukleotidernas funktion i DNA, både när de är till nackdel och tillfördel for cellen. Med hjälp av denna kunskap kommer vi förhoppningsvis kunna identifier helt nya mekanismer som förklarar hur ribonukleotider används för att bibehalla stabiliteten i genomet.