RNA-protein interactions in bacterial pathogens
- Reference number
- ICA16-0021
- Start and end dates
- 170901-210831
- Amount granted
- 4 000 000 SEK
- Administrative organization
- Uppsala University
- Research area
- Life Sciences
Summary
The world is facing an increasing difficulty to treat bacterial infections due to the emergence of antibiotic resistance. Meeting this challenge requires innovative approaches to reveal the complex mechanisms underlying bacterial pathogenicity. The main objective of this project is to understand how bacterial pathogens use interactions between proteins and ribonucleic acids (RNAs) to succeed in host cell infection. The experimental system, which is based on state-of- the-art high-throughput sequencing methodology, will be used to answer fundamental questions regarding the mechanisms bacterial pathogens use to ensure appropriate genetic output during the process of infection. Specifically, the establishment of methods for global identification of RNA-protein contacts in bacteria residing within eukaryotic host cells will reveal infection-specific post-transcriptional networks and regulatory mechanisms at the molecular level. The development of a method for profiling of RNA-RNA interactions converging on RNA-binding proteins will uncover virulence-specific regulatory RNAs and RNA-dependent regulatory networks. The obtained knowledge will be important both for understanding basic mechanisms of infection biology and be beneficial for the development of novel strategies to combat bacterial infections.
Popular science description
Sjukdomsalstrande bakterier är en av de vanligaste orsakerna till infektioner hos människan. Upptäckten av antibiotika i början av 1900-talet ledde till att potentiellt dödliga sjukdomar kunde botas. Tyvärr står vi nu inför en situation där uppkomsten av antibiotikaresistenta bakterier förhindrar behandling av många vanliga infektioner. För att möjliggöra utveckling av nya effektiva antibakteriella behandlingar krävs en djupare förståelse för de mekanismer som ligger till grund för bakterieinfektioner. Det föreslagna projektet syftar till en djupare förståelse för de molekylära processer som gör att bakterier framgångsrikt kan infektera, och reproduceras, inuti mänskliga värdceller. Tidigare forskning har visat att bakteriella proteiner som binder till ribonukleinsyror (RNA) är mycket viktiga för bakteriers infektionskraft. Orsaken till detta är dock inte fastlagd. Vi planerar således att använda metoder baserade på den senaste tekniken för att karaktärisera bakteriella interaktioner mellan protein och RNA under infektionsförloppet. Detta väntas leda till upptäckten av nya regulatoriska mekanismer och öka den generella förståelsen för hur bakterier styr genuttryck. Eftersom dessa processer är nödvändiga för bakteriers infektionskraft har de upptäckter projektet leder till stor potential för att användas vid utvecklingen av nya antibakteriella behandlingar.