Spatially resolved systems-level mechanistic understanding
- Reference number
- ID18-0094
- Start and end dates
- 190101-241231
- Amount granted
- 2 500 000 SEK
- Administrative organization
- KTH - Royal Institute of Technology
- Research area
- Life Sciences
Summary
The goal of this project is to develop and apply spatial transcriptomics within the lung in order to generate spatially resolved mechanistic data regarding the therapeutic index (on target pharmacology as well as molecular/cellular toxicology) of compounds that are intended for treatment of respiratory diseases. The work plan consists of three tasks 1."Establishment of spatial transcriptomics within lung 2."Bioinformatics programming 3."Mechanistic understanding Establishment of ST technology within the lung would provide direct insight into the molecular mechanisms and pathways that are triggered following compound exposure and would provide invaluable data regarding 1, the cell-specific molecular mechanisms underpinning pharmacological effect and 2, how observed toxicology relates to the pharmacology and/or off-target mechanisms. Understanding of such pathways is expected to accelerate the design and development of safe novel therapeutics for lung diseases, as well as provide translational understanding on the clinical utility of candidate drugs.
Popular science description
I detta industridoktorand projekt ämnar vi tillämpa och vidareutveckla en ny kraftfull teknologi, Spatial Transcriptomics, för att studera globalt genuttryck hos behandlad lungvävnad. Toxiska effekter orsakade av läkemedel är ett av de största hindren inom läkemedelsindustrin för att nå ut med annars lovande kandidatläkemedel till patienter. Genom ökad förståelse av läkemedlets effekter är det dock möjligt att identifiera och åtgärda toxiska föreningar i ett tidigt skeende och således effektivisera utvecklingen av säkra läkemedel. På grund av tidigare tekniska begränsningar är dock kunskapen kring de effekter inhalerbara läkemedel har på lungvävnad mycket begränsad. Därmed vill vi kartlägga detta outforskade område för att öka förståelsen av de molekylära mekanismer som styr vävnadens svar vid exponering av inhalerade läkemedel på ett systematiskt vis, något som utan denna nya teknologi inte tidigare varit möjlig. Tillämpning av Spatial Transcriptomics i detta sammanhang skulle härmed ge upphov till helt unik data samt även bli startskottet på ett samarbete mellan teknologins utvecklare på SciLifeLab och experter inom läkemedelsutveckling på AstraZeneca, vilket är av stor strategisk vikt för båda parter.