Novel non-coding RNAs in tumor development
- Reference number
- ICA12-0071
- Start and end dates
- 140101-161231
- Amount granted
- 3 000 000 SEK
- Administrative organization
- Göteborg University
- Research area
- Life Sciences
Summary
Tumor development involves genetic activation of growth-promoting proto-oncogenes and inactivation of tumor suppressors. These are normally protein-coding genes, but emerging evidence suggests that also non-coding RNAs, such as microRNAs and long non-coding RNAs (lncRNAs), are important in carcinogenesis. However, DNA-level proof for involvement of lncRNAs in cancer is still largely lacking. My objective is to uncover novel lncRNAs that are convincingly altered in cancer at the genome level. I will harness an unexplored potential to study non-coding RNA in available large-scale cancer genomics datasets. By integrating genomic and transcriptomic data from thousands of tumors, I will screen for lncRNAs that show evidence of somatic genomic alteration in cancer, and that are associated with clinical parameters such as overall survival. Candidates will be evaluated in loss/gain-of-function experiments in cell culture assays. My preliminary results point to a novel long non-coding RNA on chromosome 1, which is focally amplified in a small fraction of serous ovarian cancer patients and endometrial tumors of the serous subtype. This represents putative proof-of-principle for genetic activation of long ncRNAs in cancer, and illustrates the potential for discovery. My proposal holds the promise of pinpointing important and biologically active non-coding RNAs with critical roles in tumor development, that may serve as prognostic biomarkers and future therapeutic targets.
Popular science description
I en mänsklig cell flödar ständigt information från kromosomerna i kärnan till andra delar av cellen. Flödet består av så kallade budbärarmolekyler; långa strängar av RNA som innehåller byggbeskrivningar för proteiner. Den rådande bilden har länge varit att detta är huvuduppgiften för de flesta RNA:n i våra celler. Studier på senare år visar dock att RNA-molekylerna kan ha andra viktiga funktioner, som inte relaterar till proteinsyntes. Det är också klart att dessa s.k. ”icke-kodande” RNA spelar en roll i utvecklingen av cancer, men mycket grundläggande kunskap saknas. Omvandling av friska celler till tumörceller sker genom att gener som kontrollerar cellers tillväxt muteras och blir hyperaktiva, samtidigt som tillväxtbromsande gener inaktiveras. Detta program avser att avgöra i vilket utsträckning icke-kodande RNA bidrar till denna process. Det mänskliga genomet kan ge upphov till en stor mängd icke-kodande RNA-molekyler, men det är ofta oklart vilka funktioner de har och hur många av dem som är funktionella. Syftet med programmet är också att förenkla framtida studier av icke-kodande RNA genom grundläggande karaktärisering och utveckling av nya bioinformatiska verktyg. Resultaten från denna forskningsplan kan komma att ge svar angående den roll icke-kodande RNA spelar i cancer samt möjligheten att använda dem biomarkörer. Våra möjligheter att angripa RNA-gener med läkemedel idag är begränsade, men detta kan komma att förändras genom nya strategier så som terapeutisk RNAi. I ett längre perspektiv kan enskilda RNA-molekyler med viktiga roller i tumörutveckling därför komma i fråga som läkemedelstargets.