Multiple single-cell and multiple gene expression analysis
- Reference number
- MDB09-0052
- Start and end dates
- 090801-120831
- Amount granted
- 2 100 000 SEK
- Administrative organization
- Karolinska Institutet
- Research area
- Life Science Technology
Summary
Life science and bio-technology fields have been developed greatly in the last 20 years. The human genome project contributed to the development and created new methods to understand biological phenomena with massive data on bio-organic molecules. However, currently obtained data are averaged over ensembles of cells and tissues. It is strongly required to analyze single-cells because they are the minimum units of a life system. Since organisms are composed of millions or billions of cells, we need to develop single-cell methods that are both rapid and inexpensive. Here we focus on the quantitative analysis of mRNA in single-cells (gene expression profiling). The demand for analyzing mRNA in a single-cell is growing rapidly. We will therefore collaborate to develop both (1) a robust and reproducible method to measure whole transcriptomes in hundreds of single cells by RNA-Seq, and (2) an inexpensive technology for analyzing tens or hundreds of mRNA in a large numbers of single cells. The first method will be expensive, but will give comprehensive datasets that can be used to guide selection of specific marker genes. The second method will be inexpensive and can then be used to monitor the selected marker genes in specific diseased tissues.
Popular science description
Människokroppen är uppbyggd av celler, och cellen är den funktionella enheten i alla vävnader och organ. Därför är det av yttersta vikt att kunna följa biologiska och medicinska förlopp i enskilda celler. Eftersom alla människans vävnader är komplexa, är det viktigt att kunna göra mätningar inte bara på ett fåtal celler, utan på tusentals. Vi vill därför samarbeta för att utveckla nya metoder att studera genaktivitet i enskilda celler. Genom att kombinera den molekylärbiologiska expertisen i den svenska gruppen, med ingenjörskunskapen hos den japanska, kan vi nå en kritisk massa som kan leda till radikalt förbättrade analysmetoder. I förlängningen kommer dessa metoder leda till fördjupad förståelse av mänsklliga sjukdomar och andra biologiska fenomen, och därmed till förbättrad hälsa och minskat lidande.