Infrastructure for information-rich proteome analysis
- Reference number
- RIF14-0046
- Start and end dates
- 160101-211231
- Amount granted
- 14 999 051 SEK
- Administrative organization
- Karolinska Institutet
- Research area
- Life Science Technology
Summary
Proteomics is a field aiming for proteome knowledge by systems level analysis. The information can be used to study disease mechanisms and for biomarker and drug target discovery. Mass spectrometry (MS) is the most widely used analytical platform in proteomics and recent technological developments have contributed to a huge uplift in the field worldwide. We will generate novel approaches based on our newly developed MS methods to go beyond current state-of-the-art in the field. We will integrate data and methods from several fields, such as proteomics and genomics by so called proteogenomics; develop methods to improve studies of protein complexes and protein re-localization; and enable comprehensive chemical proteomics analysis to improve drug target discovery. These methods can be applied in all areas of biological and biomedical research. They will be available via our existing well-functioning Clinical Proteomics Mass Spectrometry core facility, which is a joint effort between Karolinska Institutet, Karolinska University Hospital and Science for Life Laboratory. The methods are developed with world leading researchers in their respective field to test the methods early in “real life” applications. This will generate knowledge of fundamental questions currently under investigation by the scientific community, such as impact of mutations at protein level, regulation of protein complexes and knowledge on what determines protein sub-cellular location in a cell.
Popular science description
Proteomik är ett forskningsfält där syftet är att analyserar proteiner på biologiska systemnivå. Denna information kan användas för att förbättra sjukdomsbehandling genom att upptäcka biomarkörer och målproteiner för läkemedelsbehandling. Masspektrometri är den mest använda analysplattformen inom proteomik och den senaste tekniska utvecklingen har bidragit till ett enormt lyft inom forskningsområdet världen över. Masspektrometri är numera ett nödvändigt redskap för molekylära forskare inom biologi och medicin. Idag finns det ingen masspektrometri core facilitet som erbjuder mer specificerade analyser som kan ge svar hur mutationer påverkar proteomet, analys av proteinrörelser och analyser för att generera mer kunskap hur läkemedel binder till målproteiner. Detta anslag kommer att bidra till att utveckla och generera denna typ av service till Sveriges forskare. Vi har under de senaste åren framgångsrikt utvecklat metoder för att studera det mänskliga proteomet. Målet här är att generera nya forskningsmetoder för att studera hur genetiska förändringarna påverkar proteomet, samt att studera proteomspecifika händelser så som proteinrörelse mellan cellulära delar och bildande av proteinkomplex. Det kommer att göras genom integrering av data och metoder från flera områden. Vidare kommer vi att förbättra metoder för att studera vilka proteiner läkemedelsmolekylerna binder till i cellen. Dessa metoder har tillämpningar inom alla områden inom biologisk och biomedicinsk forskning och kommer att vara till stor nytta för hela svenska forskarsamhället. Metoderna och data kommer att göras tillgängliga via befintlig välfungerande core facilitet, kallad Klinisk Proteomik Masspektrometri, som är en gemensam plattform mellan Karolinska Institutet, Karolinska Universitetssjukhuset och Science for Life Laboratoriet. Vi är övertygade om att dessa metoder kommer att påskynda generering av ny kunskap om grundläggande frågor som vi och många andra forskare avser att studera, såsom t.ex. hur mutationer påverkar cellulära proteom, hur proteinkomplex regleras i transkriptionsprocessen och vad som styr var i cellen proteinerna är i olika situationer. All denna kunskap kommer att kunna användas för att generera bättre biomarkörer och målproteiner för läkemedelsbehandling.