The microbiome response to treatments of bacterial vaginosis
- Reference number
- ID21-0080
- Project leader
- Schuppe Koistinen, Ina
- Start and end dates
- 220101-261231
- Amount granted
- 2 500 000 SEK
- Administrative organization
- Karolinska Institutet
- Research area
- Life Sciences
Summary
We are only beginning to understand how the vaginal microbiome is linked to women’s health. In this PhD-project, advanced sequencing techniques coupled with computational pipelines, machine learning and mathematical modelling will be used to determine the microbial etiology of bacterial vaginosis (BV) and factors associated with successful, antibiotic-free treatment with pHyph. pHyph is a vaginal tablet currently under development at Gedea Biotech for treatment of BV and vulvovaginal candidiasis (VVC). pHyph lowers vaginal pH to its natural level, removes the biofilm and restores the healthy vaginal microbiome in the vagina, thereby reducing the risk of recurrent BV. Based on data from a large collection of vaginal samples, the project aims to determine how the composition of the vaginal microbiome differs in healthy women from women diagnosed with BV and VVC. Furthermore, the impact of antibiotic and antibiotic-free treatments on the vaginal microbiome and risk of recurrence will be studied including the development of antimicrobial resistance. This PhD project will form a transdisciplinary collaboration between microbiome researchers, biostatistics/bioinformatics and clinical experts. In the process of understanding the microbial mechanisms involved, we will also develop deeper insights into the dynamics of recurrence and train a professional ready to bridge the gap between basic science and industrial applications in women’s health and microbiome sciences.
Popular science description
Vi lever i en mikrobiell värld, i och på våra kroppar finns det flera triljoner mikrober, den så kallade mikrobiotan, som består av bakterier, virus, svamp och arkéer. De flesta är goda och viktiga för vår hälsa och välbefinnande. Mikroberna skyddar oss från infektioner och tränar vårt immunsystem, producerar livsviktiga vitaminer och hjälper oss att tillgodogöra oss mat och fibrer. Förutom i tarmen finns de på huden, i munnen och i vaginan. Det finns lite kunskap om hur bakteriefloran i vaginan påverkar kvinnors hälsa och fertilitet. En frisk vaginalflora är dominerad av laktobaciller som producerar mjölksyra som bidrar till en sur miljö i vaginan med ett pH värde under 4.5. Dessutom producerar laktobaciller väteperoxid som skyddar mot sjukdomsalstrande bakterier, virus och svampinfektioner. När balansen rubbas ökar pH värdet i vaginan och andra anaeroba bakterier kan växa till sig. Diagnosen bakteriell vaginos (BV) ställs utifrån symptomen som lukt och sveda, ett onormalt högt pH värde och det ökade antalet bakterier. BV drabbar var tredje kvinna och kan leda till ökad infektionsrisk (HIV, HSV, HPV), livmoderhalscancer och ökad risk för reproduktionsproblem som missfall och för tidig födsel. BV behandlas med antibiotika, men mer än hälften får återfall inom ett år, och risken för antibiotikaresistens är stor. En anledning till återkommande BV är att bakterierna bildar en biofilm som är motståndskraftig mot antibiotika. Många kvinnor drabbas dessutom av svampinfektioner i vaginan efter antibiotikabehandling. Gedea Biotech har utvecklat en antibiotika-fri produkt pHyph som har visat lovande initiala resultat både hos kvinnor med BV och svampinfektion. pHyph återställer pH-värdet till sin naturliga nivå, tar bort biofilm och återställer det hälsosamma vaginala mikrobiomet. Därmed minskas risken för återkommande BV. Doktorandprojektet avser att undersöka hur det vaginala mikrobiomet särskiljer sig mellan friska kvinnor och kvinnor diagnosticerade med BV eller svampinfektion. Därutöver kommer vi att studera hur det vaginala mikrobiomet påverkas av behandling med antibiotika resp. en antibiotikafri behandling. Genom att förstå de mikrobiella mekanismer som ligger till grund för en gynnsam behandling med denna produkt, kommer vi även att utveckla en djupare förståelse för återkommande infektioner och utbilda en forskare redo att överbrygga klyftan mellan grundläggande vetenskap och industriell tillämpning inom kvinnohälsa och mikrobiomforskning.