Biomedicinsk superdator stärker SSF-projekt
En ny, snabbare, mer tillförlitlig och mindre kostsam metod för att utvärdera kliniskt användbara biomarkörer, genom ”datamining” i den svenska register- och biobanksinfrastrukturen för gynekologiska cellprover. Det är Joakim Dillners ambition med forskningsprojekt som finansieras av SSF. Projektet syftar till att identifiera biomarkörer som är användbara för screening av livmoderhalscancer. För att göra detta behöver stora mängder data samlas in och bearbetas.
När mängden biomedicinska forskningsdata ökar exponentiellt, blir hantering och lagring av datat en flaskhals i den biomedicinska forskningen. Karolinska Institutet har därför köpt och installerat ett av de största datorklusterna i Sverige tillägnad forskning om stora biomedicinska data (2 petabyte lagringskapacitet, 24 datornoder, 674 CPU-kärnor och 6 terabyte driftminne). Systemet är baserat på öppen källkod och skalbart, och kan därför kostnadseffektivt anpassas till förändrade krav på det biomedicinska området.
– Avancerade dataanalyser är en väsentlig del av projektet ”Biobanksbaserad utvärdering av nya test i cervixcreening”, finansierat av SSF.
Med den nya superdatorn på plats kommer vår förmåga att hantera och lagra enorma de mängder data som genereras att förbättras avsevärt, säger Joakim Dillner, professor i infektionsepidemiologi och projektledare för SSF-bidraget.
Projektet samordnar också en Nordic Center of Excellence i hälsorelaterade eSciences http://www.nordicehealth.se/ som finansieras av Nordforsk.