Precisionsmedicin för optimering av terapier i AML
- Diarienummer
- SB16-0058
- Start- och slutdatum
- 170801-231231
- Beviljat belopp
- 34 000 000 kr
- Förvaltande organisation
- Karolinska Institutet
- Forskningsområde
- Livsvetenskaperna
Summary
Vi utvecklar en systembiologisk strategi för precisionsmedicin för AML, en sjukdom med ett stort kliniskt behov. AML-celler används ex vivo och därmed kan de systembiologiska modellerna testas funktionellt, valideras och tillämpas i behandling av patienter. Föreliggande projekt baserar sig på omfattande existerande data vilka tagits fram för att i) hitta nya målriktade mediciner för behandling av patienter ii) prioritera nya läkemedel för klinisk prövning i molekylärt definierade subpopulationer1,2,3 (PI Kallioniemi, KI). Denna ansökan tar strategin till nästa nivå genom att inkludera nya teknologier från SciLifeLab. Vi kommer att genomföra läkemedelstestning (n=530) på 400 svenska AML-prov som är molekylärprofilerade på genom, funktionellt genom samt epigenom (co-PI Sören Lehmann, UU). Vi kommer även att utföra en djup profilering av proteomet för att identifiera proteinmarkörer som kan förutspå läkemedelsresponsen (co-PI Janne Lehtiö, KI). Dessa pharmacogenomiska samt –proteomiska profiler kommer att integreras för att hitta markörer för läkemedelsrespons och för att skräddarsy läkemedelskombinationer (co-PI Yudi Pawitan, KI). Dessa datamodeller kommer att valideras på oberoende patientmaterial med både diagnostiska- och återfallsprov. De potentiella fynden kommer i samråd med läkare att testas på patienter (n=1) och följas upp med kliniska prövningar. Vårt mål är att införa de systembiologiska verktygen från forskningen mot klinisk tillämpning och i industrisamarbeten.
Populärvetenskaplig beskrivning
Vårt mål är att utveckla systembiologiska verktyg som ska användas för att förbättra behandlingen för patienter med akut myeloisk leukemi, AML, en sjukdom med ett stort kliniskt behov idag. Återfallsrisken efter standardiserad kemoterapi är så pass hög som 30-80% och när en patient utvecklar en behandlingsresistent sjukdom är förväntningen på en långtidsöverlevnad mindre än 10%. För få en bättre målinriktad och individualiserad behandling måste man förstå hur de olika molekylära komponenterna i en patients tumör beter sig. Systembiologi innebär att man kartlägger och studerar interaktioner mellan de olika molekylära komponenterna och hur dessa ger upphov till cancercellernas funktioner och respons till omgivningen. Detta projekt använder systembiologisk forskning med matematiska och experimentella metoder för att ta individualiserad behandling till nästa nivå. Vi kommer att jobba med redan existerande omfattande molekylärdata (genom, funktionellt genom samt epigenom) från 400 svenska AML patienter och komplettera det med patientspecifik läkemedelsprofilering tillsammans med djup analys av proteomet. Dessa två datatyper har hittills inte i stor utsträckning använts för att befrämja individualiserad behandling trots att de bidrar med direkt kunskap om målet och effekten av läkemedlen. Med de nya teknologierna tillgängliga på SciLifeLab samt de matematiska modellerna vi utvecklar ämnar vi att förstå hur olika genförändringar påverkar en persons svar på läkemedel, hur detta återspeglas i proteinmönstret och läkemedelsresponsen för att bättre kunna skräddarsy effektiva läkemedelskombinationer. Våra datamodeller kommer sedan att valideras på oberoende kliniskt material från patienter med AML, med både prover från diagnos och vid återfall. Fynden kommer att tillämpas vid behov för individuella patienter och följas upp med kliniska prövningar. Vårt mål är att införa de systembiologiska verktygen från forskningen mot en klinisk tillämpning och industriella samarbeten.