Identifiering av icke-kodande RNA med roll i tumörutveckling
- Diarienummer
- ICA12-0071
- Start- och slutdatum
- 140101-161231
- Beviljat belopp
- 3 000 000 kr
- Förvaltande organisation
- Göteborg University
- Forskningsområde
- Livsvetenskaperna
Summary
Omvandling av friska celler till tumörceller sker genom att gener som kontrollerar cellers tillväxt muteras och blir hyperaktiva, samtidigt som tillväxtbromsande gener inaktiveras. Dessa gener är vanligtvis proteinkodande, men på senare år har det visat sig att även icke-kodande RNA, så som mikroRNA och långa icke-kodande RNA (lncRNA), är viktiga för tumörutveckling. Mitt mål är att upptäcka nya lncRNA vars aktivitet på ett övertygande sätt moduleras i cancer genom somatiska genförändringar. Jag kommer att dra nytta av en outnyttjad potential för att studera icke-kodande RNAn i tillgängliga storskaliga cancer-genomik dataset. Med hjälp av bioinformatiska metoder kommer jag söka efter lncRNA som är förändrade på genom- and transkriptomnivå i cancer, och som är associerade med viktiga kliniska parametrar. Kandidatmolekyler kommer att utvärderas i cellkultursystem. Mina preliminära resultat pekar på ett nytt lncRNA på kromosom 1, som är fokalt amplifierat i ett subset av serösa ovarialcancer-tumörer samt endometrialcancer av serös subtyp. Detta representerar möjligt bevisning för genomisk aktivering av lncRNA i cancer. Forskningsprogrammet har potential att upptäcka ny biologiskt aktiva icke-kodande RNA som är kritiska för tumörutveckling, och som kan fungera både som prognostiska biomarkörer och som måltavlor i framtida cancerterapier.
Populärvetenskaplig beskrivning
I en mänsklig cell flödar ständigt information från kromosomerna i kärnan till andra delar av cellen. Flödet består av så kallade budbärarmolekyler; långa strängar av RNA som innehåller byggbeskrivningar för proteiner. Den rådande bilden har länge varit att detta är huvuduppgiften för de flesta RNA:n i våra celler. Studier på senare år visar dock att RNA-molekylerna kan ha andra viktiga funktioner, som inte relaterar till proteinsyntes. Det är också klart att dessa s.k. ”icke-kodande” RNA spelar en roll i utvecklingen av cancer, men mycket grundläggande kunskap saknas. Omvandling av friska celler till tumörceller sker genom att gener som kontrollerar cellers tillväxt muteras och blir hyperaktiva, samtidigt som tillväxtbromsande gener inaktiveras. Detta program avser att avgöra i vilket utsträckning icke-kodande RNA bidrar till denna process. Det mänskliga genomet kan ge upphov till en stor mängd icke-kodande RNA-molekyler, men det är ofta oklart vilka funktioner de har och hur många av dem som är funktionella. Syftet med programmet är också att förenkla framtida studier av icke-kodande RNA genom grundläggande karaktärisering och utveckling av nya bioinformatiska verktyg. Resultaten från denna forskningsplan kan komma att ge svar angående den roll icke-kodande RNA spelar i cancer samt möjligheten att använda dem biomarkörer. Våra möjligheter att angripa RNA-gener med läkemedel idag är begränsade, men detta kan komma att förändras genom nya strategier så som terapeutisk RNAi. I ett längre perspektiv kan enskilda RNA-molekyler med viktiga roller i tumörutveckling därför komma i fråga som läkemedelstargets.