Tolkning av genetisk variation i mikroorganismer
- Diarienummer
- SM19-0018
- Start- och slutdatum
- 200101-211231
- Beviljat belopp
- 1 086 061 kr
- Förvaltande organisation
- Uppsala University
- Forskningsområde
- Livsvetenskaperna
Summary
Övervakningen av patogena mikroorganismer som utförs av statliga myndigheter över hela världen migrerar snabbt från traditionella typmetoder till helgenomsekvensbaserade metoder. Stora mängder data produceras i hög takt och myndigheterna sätter upp metoder och arbetsflöden för att tolka de genetiska variationerna i dessa data. Samtidigt öppnar den teknologiska revolutionen inom sekvenseringsteknologin nya möjligheter för akademiska forskare att studera grundläggande molekylär funktionalitet och mikrobiell evolution. Ett av de största hoten kring mikroorganismer är deras utveckling av resistens mot antibiotika. Antibiotikaresistens kan hindra oss från att bota vanliga infektionssjukdomar och undergräva medicinska framsteg inom till exempel kirurgi och cancerbehandling. Huvudsyftet med denna strategiska mobilitet är att kombinera och skapa synergistiska effekter mellan den tillämpade forskningen vid SVA med fokus på storskalig data-tolkning och de akademiska ansträngningarna inom den grundläggande förståelsen av mikrobiell evolution och resistensutveckling vid IMBIM. Hypotesen är att tolkningen av övervaknings- och utbrottsrelaterade genomikdata kan förbättras om den görs mer i kontexten av grundläggande mikrobiell evolution. Ett särskilt fokus kommer att ges till de evolutionära mekanismerna som ger upphov till och sprider resistensfenotyper. Forskningen kommer också att bidra till vår grundläggande förståelse av antibiotikaresistens och mikrobiell evolution.
Populärvetenskaplig beskrivning
Övervakningen av sjukdomsframkallande mikroorganismer som utförs av statliga myndigheter över hela världen övergår i snabb takt från äldre traditionella typningsanalysmetoder till modern storskalig analys av hela arvsmassan. Stora mängder data produceras och metoder och arbetsflöden sätts upp för att tolka de genetiska variationerna som man finner. Det finns dock brister i vår förmåga att utnyttja denna högupplösta information på bästa sätt. Samtidigt har den tekniska revolutionen inom området också kraftigt påverkat möjligheterna för akademiska forskare att studera grundläggande molekylär funktionalitet och mikroorganismers evolution. Detta projekt syftar till att föra samman den grundläggande kunskapen från akademisk forskning med den tillämpade analysverksamheten för att ge en förbättrad förmåga att tolka genetiska förändringar som observeras i övervakningsprogram för sjukdomsframkallande mikroorganismer. Ett av de största hoten kring mikroorganismer är deras utveckling av resistens mot antibiotika. Antibiotikaresistens kan hindra oss från att bota vanliga infektionssjukdomar och undergräva medicinska framsteg inom till exempel kirurgi och cancerbehandling. Huvudsyftet med denna strategiska mobilitet är att kombinera och skapa synergistiska effekter mellan den tillämpade forskningen vid SVA med fokus på storskalig data-tolkning och de akademiska ansträngningarna inom den grundläggande förståelsen av mikroorganismers evolution och resistensutveckling vid Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi (IMBIM) vid Uppsala universitet. Hypotesen är att tolkningen av övervaknings- och utbrottsrelaterade data från analys av arvsmassan kan förbättras om den görs mer i kontexten av grundläggande kunskap om mikroorganismers evolution. Ett särskilt fokus kommer att ges till de evolutionära mekanismerna som ger upphov till och sprider antibiotikaresistens. Forskningen kommer också att förbättra vår grundläggande förståelse av antibiotikaresistens och mikroorganismers evolution.